Matías Fernández no ha podido consolidarse en Colombia y ha tenido un paso irregular en Junior de Barranquilla. Esto le ha costado las críticas de un sector de la hinchada y también de la prensa especializada colombiana. 

Ante el Deporte Cali en el desabrido empate sin goles del miércoles, no brilló los 91' que estuvo en cancha y se ganó las críticas de El Heraldo: "De pelota quieta es la única forma en que se hace notar en el campo". 

El DT Luis Fernando Suárez lo sigue respaldando, y aseguró que lo puso en otra posición: "Lo puse en una función diferente y jugó de 8. Tomé una mala decisión al poner a James de extremo por derecha y a Roger por izquierda. Después cuando hicimos el cambio de Cantillo, mandamos por derecha a Matías".